Constituyen el nivel clave de la Fundación y están formados por adheridos pertenecientes a empresas de la industria de sanidad animal, centros de investigación y Universidades, representantes de las Administraciones, de la profesión veterinaria y de los sectores productivos ganaderos.
Fruto del ejercicio de los Grupos de Trabajo surge todo el resultado y el valor añadido que proporciona el sistema de funcionamiento de la Fundación: sus recomendaciones.
Entre sus funciones cabe citar:
Existen cuatro Grupos de Trabajo que cubren toda la cadena de innovación desde la investigación inicial hasta el desarrollo y puesta en el mercado de las herramientas de sanidad animal.